Pada tahun 1776
Long Yunus iaitu putera kepada Long Sulaiman ditabalkan dengan rasminya menjadi
Raja Kelantan. Baginda telah berjaya merampas takhta Kerajaan Kelantan daripada
Long Muhammad dalam satu peperangan yang sengit dalam tahun 1762. Dalam
peperangan tersebut Long Muhammad telah mati dibunuh oleh Long Yunus sendiri.
Selepas kemenangan ini baginda Long Yunus telah dilantik menjadi Raja Kelantan
dan terus menjadikan Kota Kubang Labu sebagai pusat pemerintahannya. Dalam
jangka waktu 14 tahun, Baginda menumpukan perhatian dalam usaha-usaha
mententeramkan keadaan huru-hara yang masih belum reda dalam negeri.
Setelah keadaan aman dan selamat maka dalam tahun 1776 Baginda Long Yunus telah
rasminya ditabalkan sebagai Raja Kelantan oleh Sultan Mansur Shah Terengganu.
Dalam tahun 1777 Long Yunus telah mengambil keputusan untuk memindahkan pusat
pemerintahannya dari Kota Kubang Labu ke tempat yang baru. Tempat yang
baru dipilih ini dikenali dengan nama Kota Pengkalan Galuh (kini dikenali
dengan nama Kota Lama) tidak berapa jauh daripada Kota Kubang Labu.
Pada masa pemerintahan Long Yunus, Baginda telah mengurniakan jawatan “Engku
Seri Maharaja Perdana Menteri” kepada sahabat karibnya Long Gaffar yang banyak
berjasa dan membantunya dalam peperangan merampas kembali takhta Kerajaan
Kelantan. Long Ghaffar yang mempunyai kuasa pemerintahan yang luas dari kawasan
Jeram sebagai pusat pemerintahannya.
Dengan kegigihannya, Baginda berjaya meyatupadukan seluruh Negeri Kelantan di
bawah satu panji-panji pemerintahan sahaja. Jasa-jasa Baginda yang besar ini
menjadi kenangan yang abadi kepada pemerintah-pemerintah Kelantan yang menaiki
takhta selepasnya.
Baginda Sultan Muhammad IV telah mengabadikan nama Long Yunus kepada nama
Bintang Kehormat untuk Kearabat D’raja Yang Amat Dihormati “Al-Yunusi”.
Baginda Raja Long Yunus mangkat dalam tahun 1794 ketika berusia 93 tahun
setelah memerintah Kelantan dengan adil dan saksama menempuh berbagai cabaran
dan peristiwa penting. Baginda telah dimakamkan di makam D’Raja, Kota Bharu.
Sultan Raja Pemerintah Kelantan Moden:
1) Long Yunus Bin Long Sulaiman
(Yg. Dipertuan 1762 – 1795)
Long Yunus turut serta dalam rombongan Long Gaffar ke Terengganu. Semasa di Terengganu Long Yunus telah dikahwinkan dengan Tuan Chik Jumat, Chik Puan Balai Dua, anak perermpuan Engku Tenang Wangsa Terengganu. Sebagai membalas jasa di atas kesetiaannya terhadap Long Gaffar, Long Yunus pula telah diberikan kuasa memerintah meliputi kawasan pantai bermula di Kuala Kemasin, Kota Bharu, Tabal sehingga Bukit Tanjung (Narathiwat). Walaupun diberikan kuasa memerintah wilayah tersebut, kuasanya adalah terbatas. Kuasa pemerintahan sebenar masih lagi berada di bawah kekuasaan Baginda Long Gaffar yang berpusat di Limbat. Long Yunus tidak boleh menjatuhkan hukuman bunuh terhadap pesalah tanpa merujuk terlebih dahulu kepada Baginda Long Gaffar di Limbat. Konsep pembahagian kuasa yang diasaskan oleh Baginda Long Gaffar ini terus diamalkan dan dihormati sehinggalah kemangkatan Long Yunus.
2) Tengku Muhammad Bin Tuan Dalam (Menantu Long Yunus /
Yg. Dipertuan 1795 – 1799)
Menantu Long Yunus (suami Cik Ku Tuan Nawi) dan putera kepada Sultan Terengganu iaitu Sultan Mansor. Pemerintahannya tidak lama kerana kurang disenangi terutamanya oleh putera sulong Long Yunus iaitu Long Muhamad. Pemerintahan berakhir selepas berjaya dikalahkan oleh Long Muhamad pada 1801.
3) Long Muhammad Bin Long Yunus (Sultan Muhammad-I 1800 – 1837)
Baginda merupakan putera sulung Long Yunus dan tidak mempunyai anak (digelar Marhom Mandul). Baginda telah mengambil anak Temenggong Long Tan iaitu Long Senik Mulut Merah sebagai anak angkatnya.
4) Long Jenal@Zainal Bin Long Yunus
(Yg. Dipertuan 1837 – 1839)
Adik Long Muhamad (Sultan Muhamad I 1801-1835) dan memakai gelaran Yam Tuan Kelantan.
5) Long Senik Mulut merah Bin Long Hitam @ Tam Bin Long
Yunus
(Sultan Muhammad – II 1839 – 1886)
Baginda yang mula-mula sekali memakai gelaran Sultan dan digelar Sultan Muhamad II. Baginda merupakan anak Temenggong Long Tan dan menantu kepada Baginda Long Seri. Pada 1844 Istana Kota Bharu (kemudiannya dikenali sebagai Istana Balai Besar pada zaman Sultan Muhamad IV) telah dibina dengan mengambil tukang-tukang dari Limbat atas arahan Baginda Long Seri. Pada masa pemerintahannya, usaha-usaha bagi melemahkan penguasaan Limbat ke atas Kota Bharu giat dijalankan. Pada masa pemerintahannya juga menyaksikan peningkatan pengaruh Siam, ia dipercayai ada hubung kait dengan cubaan bagi mendapatkan pengiktirafan Siam terhadapnya sebagai pemerintah Kelantan.
Sultan Muhammad II atau Long Senik Mulut Merah ibni al-Marhum Tengku Temenggong Long Tan (Tengku Temenggong Ariya Pahlawan) ibni al-Marhum Sultan Long Yunus (Sultan Kelantan), mempunyai dua orang puteri dan seorang putera;
1. Tengku Putri atau Long Sulong binti Sultan Muhammad II (Sultan Kelantan) berkahwin dengan Tengku Ahmad atau Sultan Tengah ibni al-Marhum Tengku Muhammad (Pemangku dan Yang di-Pertuan Muda Kelantan, 1795-1800) ibni al-Marhum Sultan Mansur Shah I (Sultan Terengganu). Tengku Ahmad (Tengah) ialah pemangku Sultan Kelantan sementara menggantikan Tuan Long Ghaffar yang masih muda berumur sembilan tahun semasa kemangkatan ayahandanya Sultan Muhammad II) dan bukan putera Sultan Muhammad II, baginda adalah putera Tengku Muhammad Terengganu, menantu Sultan Muhammad II
2. Tengku Putri Che’ atau Engku Na Nik (Tengku Raja Patani) binti al-Marhum Sultan Muhammad II (Sultan Kelantan) berkahwin dengan Tengku Besar Long Puteh (Raja Patani)
3. Tuan Long Ghaffar (Tengku Petra Dalam Kebun) ibni al-Marhum Sultan Muhammad II (pewaris tahta yang sah)
Keturunan Tengku Muhammad Terengganu (Pemerintah Kelantan Sekarang)
6) Long Sulong Bin Long Senik Mulut Merah
(Sultan Ahmad 1886 – 1890)
Istana Nilam Puri
Nama asal baginda ialah Tengku Ahmad, iaitu anak kedua Tengku Muhammad bin Sultan Mansur Terengganu (Marhum Besar). Menantu kepada Sultan Muhammad II. Dilantik sebagai pemangku raja Kelantan kerana Long Ghaffar bin Sultan Muhammad II masih kecil. Dengan bantuan dari Siam meminggirkan hak Long Ghaffar sebagai pewaris sah takhta Kelantan. Diberi gelaran Phraya Rajadipati Putrapurutravisesa Pradisvara Rajanarubadindra Surindra Ravivamsa oleh Raja Siam Rama IV. Pada 1887, baginda membina Istana Jahar. Baginda turut berbesan dengan Long Mansor:
1. Tengku Salleh (putera Long Mansor) berkahwin dengan Tengku Kembang (puteri Sultan Ahmad)
2. Tengku Besar (putera Sultan Ahmad) berkahwin dengan Tengku Kalsom (puteri Long Mansor)
Perkahwinan ini dipercayai bermotif politik dan ada kaitan dengan usaha-usaha bagi melemahkan gerakan bagi menaikkan semula keturunan Long Gaffar di Kelantan.
7) Long Kundur Bin Long Sulong
(Sultan Muhammad – III 1890 – 1891)
Nama asal baginda ialah Long Kundor iaitu putera Sulong Sultan Ahmad.
8) Long Mansor Bin Long Sulong
(Sultan Mansor 1791 – 1900)
Nama asal baginda ialah Long Mansor dan merupakan adik Long Kundor (Sultan Muhamad). Pada masa pemerintahannya, iaitu pada 1891, Datuk Bahaman melarikan diri ke Ulu Kelantan.
9) Long Senik Bin Long Kundur
(Sultan Muhammad – IV 1900 – 1920)
10 Tengku Ismail Bin Long Senik
(Sultan Ismail 1920 – 1944)
11) Tengku Ibrahim Bin Long Senik
(Sultan Ibrahim Petra 1944 – 1960)
Istana Seri Cemerlang
12) Tengku Yahya Petra Ibni Tengku Ibrahim
(Sultan Yahya Petra 1960 – 1979)
13) Tengku Ismail Petra Ibni Tengku Yahya Petra
(Sultan Ismail Petra 1979 – 2009)
14) Tengku Muhammad Faris Petra Ibni Tengku Ismail Petra
(Sultan Muhammad – V 2009 – Sekarang)